Le conseil de l’IFFP est l’organe de direction stratégique de l'IFFP. Il se compose de neuf membres désignés par le Conseil fédéral.
Le conseil de l’IFFP définit les objectifs stratégiques pour le développement de l'IFFP dans le cadre de son mandat de prestations. Il est responsable devant le Conseil fédéral de l’exécution du mandat de prestations et du respect du budget.